Kökény település története a régmúlt időkig nyúlik vissza. A község neve írott formában 1332-ben majd 1335-ben bukkant fel Koke, Kuke formában, ami valószínűleg családnév volt.

A török uralom alatt ez a falu elnéptelenedett. A török hódoltság végén az 1680-as években boszniai horvátok telepedtek le a falu mai helyén. Az idetelepültek Mostar környékéről érkezztek. Az őshaza emlékét a szőlőhegy „Mosztár” elnevezése őrzi.

A címer felső részén mélykék háttérben lévő fehér fonat tipikus horvát motívum, amely a falut alapító nemzetiségre utal. Az 1851-ben kiadott „Magyarország geographiai szótára” is így ír: „Kökény, horvát falu Baranya vármegyében…” Ugyanitt olvasható a következő: „Lakja 496 katolikus. Van itt egy pompás kilátással bíró uradalmi ház, és a szőlő alatt egy jeles uradalmi pincze több ágra oszolva, melyben 50, 100, 150 akós hordók állnak… Bírja a pécsi papnövelde …”

A címer bal oldalát uraló kereszt a falu lakóinak római katolikus hitére utal, valamint arra, hogy a faluval szemközti „Párlognak” nevezett domb és a „Mosztár”-nak nevezett szőlőhegy nagy része egyházi tulajdon volt. Jelzi ezt a napjainkig álló kápolna is „Párlogon”.

A címer jobb alsó részén lévő két domb a szőlőhegyet, valamint azt a dombot szimbolizálja amelynek oldalába a falu épült. A szőlőfürt és az ekevas arra utal, hogy a települést szőlőtermesztő és földművelő emberek lakták.

A címer alján lévő ezüstcsík a falut ölelő patakokat jelképezi ,melyhez szorosan hozzátartozik a malomkerék, hiszen a ma Malom-völgynek nevezett részen valaha két vízimalom működött.

Mindezen tényeket figyelembe véve ezen címer híven tükrözi Kökény község történelmét.